Naruto shippuuden adalah mengisahkan tentang pengembaraan 3 ninja muda daripada kampung Leaf of Konoha (Kampung Daun Konoha) 3 tahun selepas kisah asal Naruto berakhir. Kisah "The Hurricane Chronicles" ini memberikan fokus terhadap pelan dan juga aksi jahat sebuah organisasi ninja yang bergelar "Akatsuki" (Subuh) dan sudah pastinya, menguraikan ketentuan nasib Uzumaki Naruto dan juga rakan baiknya, Uchiha Sasuke (ingin membalas dendam ke atas abangnya, Uchiha Itachi yang bertanggungjawab ke atas kematian seluruh puak Uchiha termasuk kedua orang tuanya). Perkara yang paling menarik di dalam siri Naruto kali ini, seperti ramai yang mendakwanya, bahawa disebabkan oleh faktor orang jahatnya, diwakili kumpulan Akatsuki, terbentuk daripada beberapa ninja pengkhianat berskil tinggi (Shinobi) dan juga mereka yang meninggalkan kampung asal masing-masing disebabkan kejahatan. Mereka ini adalah Uchiha Itachi, Kisame Hoshigaki, Konan, Pain, Deidara, Sasori, Hidan, Kakazu, Zetsu dan Tobi (Uchicha Madara). Di dalam kebanyakan bahagian siri Naruto kali ini, kita mendapati bahawa Naruto dan kawan-kawannya menentang 2 ahli Akatsuki dalam 1 masa dengan keputusan biasanya menyebelahi kumpulan watak baik. Di dalam keluaran terbaru komik tersebut, watak misteri Pa(e)in , (di gembar gemburkan sebagai ketua Akatsuki) dan hubungannya dengan rakannya, Konan dan Jiraya (ninja tahap lagenda dari kampung Konoha yang juga guru kepada naruto dan ayahnya).
Watak Pein merupakan watak yang paling menarik dalam komik ini kerana segala-gala mengenai dirinya dan masa silamnya mempunyai kaitan dengan ketentuan nasib Naruto dan juga ayah Naruto (Hokage ke-4 kampung Konoha, Yondaime Minato). Apa yang menarik mengenai Pein adalah tiada siapa yang tahu siapa sebenarnya Pein dan penulis komik nampaknya mahu mengekalkan keadaan ini. Satu lagi perkara yang pelik mengenai plot yang terbaru ini adalah ahli terbaru Akatsuki, Tobi didedahkan sebagai pengasas puak Uchiha (Madara), ini kelihatan agak mustahil. Jiraya juga seakan memberi pembayang bahawa madara bertanggungjawab ke atas kemunculan Raksasa Berekor 9 (Musang Gergasi Berekor 9) Ini merupakan sebahagian daripada rumusan saya mengenai Naruto Shippuuden, diharap anda terhibur.[BR](terjemahan komik naruto sudah bermula - Komik Naruto Shippuuden)
